故事以大战结束后，信息来源、土地都被分割的21世纪的城市社会为舞台。主人公是在Ankoru・全球・保全民间军事公司工作的赛库拉克与顶尖的Unit・Weapons的塞金，通过激烈的战斗描写，Ankoru与不友好市民之间发生的各种各样的冲突事件。

第一部： 　　20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪…… 　　第二部： 　　这是一个全世界疯狂痴迷于卡片对战的世界。在这个世界，治理和保护环境被视为最神圣的职权。成名于世200余年的卡片世家宇...

日本統治下の台湾で大規模な灌漑事業を成功させ、現在までその名を語り継がれている日本人技師?八田與一の実話をアニメ映画化。不毛の地と呼ばれる嘉南平原に派遣された八田は、同地に広大な灌漑施設を建設する計画を立てる。しかし、工事中のトンネルで50人以上が犠牲となる爆発事故が起きてしまい……。監督を務めるのは「宇宙戦艦ヤマト」「ルパン3世」といった人気作に参加し、日本アニメの黄金期を支えてきた石黒昇。

日本統治下の台湾で大規模な灌漑事業を成功させ、現在までその名を語り継がれている日本人技師?八田與一の実話をアニメ映画化。不毛の地と呼ばれる嘉南平原に派遣された八田は、同地に広大な灌漑施設を建設する計画を立てる。しかし、工事中のトンネルで50人以上が犠牲となる爆発事故が起きてしまい……。監督を務めるのは「宇宙戦艦ヤマト」「ルパン3世」といった人気作に参加し、日本アニメの黄金期を支えてきた石黒昇。

在名为斯沃罗夫的小岛上，生活着一个名叫弗林德·洛克伍德（比尔·哈德 Bill Hader 配音）青年，他从小就想法多多，热衷各种各样的科学发明，比如不用鞋带的鞋子、能够自动行走的电视、飞行汽车、猴子语言翻译器等。想法虽好，但通常都以失败和灾难告终。母亲生前对他的鼓励令弗林德从不灰心，他屡挫屡勇，在科学发明的天地里自得其乐。不过，老爸再也无法忍受儿子无休止的折腾，他要求弗林德在自家的店里帮忙。与此同时，为了解决当地食物匮乏的问题，弗林德偷偷进行着超级食物机的研究。在最新的尝试中，弗林德毁掉了刚刚揭幕的沙丁鱼乐园，不过他的实验也取得成效。众目睽睽之下，天空下起了令人难以置信的汉堡包雨！一切都变得有趣起来……

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在名为斯沃罗夫的小岛上，生活着一个名叫弗林德·洛克伍德（比尔·哈德 Bill Hader 配音）青年，他从小就想法多多，热衷各种各样的科学发明，比如不用鞋带的鞋子、能够自动行走的电视、飞行汽车、猴子语言翻译器等。想法虽好，但通常都以失败和灾难告终。母亲生前对他的鼓励令弗林德从不灰心，他屡挫屡勇，在科学发明的天地里自得其乐。不过，老爸再也无法忍受儿子无休止的折腾，他要求弗林德在自家的店里帮忙。与此同时，为了解决当地食物匮乏的问题，弗林德偷偷进行着超级食物机的研究。在最新的尝试中，弗林德毁掉了刚刚揭幕的沙丁鱼乐园，不过他的实验也取得成效。众目睽睽之下，天空下起了令人难以置信的汉堡包雨！一切都变得有趣起来……

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……

为追踪4名血继限界继承者的下落，小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和佐井奉命前往。但在岩隐和草隐交界的须弥山失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留呼（保志総一朗 配音）的前木叶村忍者单方面宣战，他之前因修习鬼芽罗术而被逐出木叶，而今他企图集齐5个血继限界成为不死的完美忍者，进而发起第四次忍界大战。在此危急时刻，卡卡西感受到来自卑留呼的召唤。失去最重要的导师，鸣人、木叶村乃至忍者诸国面临前所未有的挑战…… 　　本片为漫画家岸本齐史的同名原著的剧场版。