15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
阿凡无意间干扰了时光特警队出任务，现在得和队员莉姆一起回到过去，穿梭各个时空拯救无辜性命，也亲眼见证历史往前推进。
