玩家东东因意外穿越进游戏《天青》成为最弱小野怪﹣﹣骷髅，不明情况的东东凭借自己多年的游戏经验，初期收获了一群野怪小弟。 在与女主泡泡相遇后，与之签订契约成为最强宠物，带领着泡泡与后续结识的好友们共同在《天青》中开始搞笑、精彩的冒险。 同时，东东发现游戏中 NPC 、野怪逐渐觉醒且对人类世界产生向往这一现象。为弄清真相，以及回归正常生活。东东所领导的主角团、觉醒 NPC 、普通游戏玩家、游戏运营 公司等多方势力围绕着两个世界的联系开始角力。
小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
