在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
