身怀两大道体，却因无灵根启发灵体的东方少鸿，被同族耻笑，甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至，东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄，被仙盟所困。在宗族危难之际，东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石，击退仙盟，挽救宗族于危机之间。举步维艰之际，东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救，拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上，太阴山涧，东方少鸿拼力修炼的同时，却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类，不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到，只有自己足够强大，才能救得父亲脱困，为自己正名，戳穿仙盟的阴谋。
小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
