该剧主要讲述了环境资源法官罗远、法庭顾问夏未冬等一批锐意有为的司法工作者在一连串环保案件中扫黑除恶明法、打击污染犯罪、维护环境生态、探索司法改革、捍卫公众权益的故事。作为中国首部环保司法题材剧，剧集聚焦长江流域环境保护司法实践的精彩案例，讲述环境资源审判的“中国故事”。影片编创团队希望用这样一部故事背景源自生活、视角兼顾官方和民间的现实主义大剧，来吸引社会各界的关注，借此展示环保司法改革之路的艰辛，推广绿色发展理念，增强民众环保意识。
解放战争后期，我军西线围歼战役即将取得胜利。国民党西线部队独立团趁着夜色向西逃去。上级将参与西部战役的某师调往东线，于是该师派出庄连长带领小分队，在当地军分区的配合下，继续追击敌军。这股国民党残部隐匿在黑山寺待命，并且有不少士兵患上传染病。追击部队遵照“尽量保护当地百姓，减少我部伤亡，设法迫降敌军，并给予救治，以后甄别整编”的上级指示展开行动。庄连长得知当地韦医生心向共产党且医术好，前往寻找，不料敌方先行将韦医生骗上山。庄连长等扮作韦医生的助手进入寺院，与韦医生配合一边治疗病人，阻断疫情，以免病情蔓延至当地百姓中，一边了解坑道结构。最终我方控制了疫情，并通过坑道救出了希望脱离国民党的士兵。至此，国民党独立团残部掌控的黑山寺恢复了安定，疫情没有蔓延，特殊的剿匪与解救任务圆满完成。
一方奇墨引来了一段曲折迷离的旷古奇冤，一个奇才谱就了一曲荡气回肠的爱情绝唱。三个红粉佳人的痴情，一个伟男子的抉择，让中国化的罗蜜欧与朱丽叶，让中国式的基督山伯爵在乾隆盛世书写出了一部传奇的篇章。乾隆年间，因当时的墨品质量低劣，书写的字迹偶遇潮湿便不能持久……
