嬴政は、函谷関攻防戦で自らの才を証明してみせ、まもなく行われる成人の儀式「加冠の儀」において、国内外に向け自らが「第31代秦王」であることを宣言し、国の実権を取り戻すことを誓う。しかし、中華全土を巻き込んだ戦いは、攻め込まれた秦国も、合従軍に参加した国々にも大きな爪痕を残した。 秦国では、混乱に乗じた内乱を目論む者が現れる。さらには呂不韋が自身の野望達成のための最終段階へと動き出す。 国家存亡の危機を乗り越えた秦国に、新たな波乱の兆しが見え始めていた――。
小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
