这是一个普通的少年结识上古器灵，在器灵协助下努力修炼，结识形形色色的人，经历各类或轻松或波折的冒险。生活开始走上正轨的故事。最终，他将成为超越大帝，守护整片大陆
28 岁公司职员神城武，某天突然去世了，被神秘的青年转生到某个星球，剑与魔法的世界“马德乌斯”。开始新人生的他，拥有许多强大的能力，包括身体能力的强化、惊人的魔力，以及能够发现有价值物品的“探测能力”——利用这些作弊级别的力量，神城武开始了低调的旅行。主人公虽然最强，但并未意识到自己最强。这不是一个可爱女孩频繁出现的故事。没有后宫。完全没有恋爱元素。与个性十足的伙伴们一起，一边采集素材一边继续旅行的青年在异世界的生活。
二阶堂明本来是个笑起来很阳光的男孩，很受欢迎。但初中一次意外事件，给他留下了严重的心理创伤。上高中后，他整个人变得死气沉沉，也不与人打交道，犹如从伊藤润二漫画中走出的男子，传闻跟他搭话就会变成秃头。大家对他避之不及，但偏偏有人不信邪，要去找他搭讪……
照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
